Metode Pendidikan yang diterapkan Pondok Pesantren El-Bayan menggunakan metode pembelajaran kitab kuning yang dikaji di dalam pondok dan Madrasah Diniyah, diantara ilmu yang dipelajari di dalam pondok seperti : Ilmu Nahwu, Shorof, Fiqih, Hadist, Tarikh, Tauhid dan yang paling utama Akhlaq.
Selain itu, untuk menunjang pengajian di dalam Pondok, Pondok Pesantren juga menyelenggarakan pendidikan :
Pembelajaran Madrasah Diniyah
Wisuda Taman Pendidikan Al-Quran